气相色谱仪是以气体作为流动相(载气)。当样品由微量注射器“注射"进入进样器后被载气携带进入填充柱或毛细管色谱柱。由于样品中各组份在色谱柱中的流动相(气相)和固定相(液相或固相)间分配或吸附系数的差异，在载气的冲洗下，各组份在两相间作反复多次分配，使各组份在柱中得到分离，然后用接在柱后的检测器根据组份的物理化学特性，将各组份按顺序检测出来。
气相色谱仪的正确操作：
1、开电脑，打开气相色谱电源开关。
  2、按“起始"键，等到屏幕显示“ready"后按“柱箱"输入柱箱温度数值按“键入"；按“进样器"输入进样器温度按“键入"；按“导热池"输入导热池温度按“键入"；按“换档"“监测器"输入监测器温度按“键入"；按“换档"“启动时间"输入启动时间按“键入"，再按“关闭时间"输入关闭时间按“键入"
  3、点开电脑中的在线工作站，选择路径，输入基本信息，点“积分表"选择“面积"归一法
  4、开启氮气、空气阀，检查氢气发生器液面，开启氢气发生器。调节空气与氢气的压力比一般在1.5~2。
  5、点火。当温度升到设定值进样，同时按“采集数据"键。若需再测第二针则需再按“起始"进样“采集数据"。
  6、按“停止"降温灯亮，当降温的灯变绿则关闭主机电源，打开主机面门散热。关闭氢气，关闭空气。朝看基线，过一会关闭氮气。
  7、关闭在线工作站，进入离线工作站打印数据。